Penyebaran kantor cabang (branch) JNE hampir merata di seluruh Indonesia. Penyebarannya secara umum dibagi ke dalam sembilan regional: Sumatera, Jakarta, Sulampapua (Sulawesi, Maluku, Papua), Bali & Nusa Tenggara, Jawa Barat, Kalimantan, Jawa Tengah & Yogyakarta, Jawa Timur, Bodetabekciklik (Bogor, Depok, Tangerang, Bekasi, Cilegon, Cikarang)