Die Teilnahme am EHS hatte für die einzelnen Firmen unterschiedliche finanzielle Auswirkungen. Einerseits wird den EHS-Firmen die CO2-Abgabe erlassen, anderseits sind die Kosten, die sie anstelle der CO2-Abgabe im EHS bezahlen mussten deutlich tiefer. Zudem erhielten viele Firmen für eine höhere Emissionsmenge Gratiszertifikate zugeteilt, als sie tatsächlich ausgestossen haben. Die überschüssigen Zertifikate können die Konzerne gewinnbringend auf dem Emissionsmarkt weiterverkaufen.