Los ingresos portuarios incluyen servicios a la nave y servicios de carga, que son las dos principales actividades que realiza Japdeva para generar dinero. Aunque en 2018 se aprecia que los ingresos portuarios superaron el gasto en salarios, ese año la institución cerró con un déficit de ¢3.416 millones por la reducción de otros ingresos y el aumento de otros gastos.